沙俄不僅僅霸占了東北大片土地,還迫使清廷簽訂喪權辱國的《中俄北京條約》《中俄勘分西北界約訂》等,非法霸占了44萬多平方公里土地。這還沒滿足沙俄的胃口,它還慫恿阿古柏集團在1865年入侵新疆,新疆危在旦夕。這里不得不提到一個名族英雄——左宗棠。
阿古柏集團非法侵占新疆,對于是否出兵收復,清朝政府內部曾經發生過“海防”與“塞防”的爭論。在朝會上,“海防” 派的代表人物李鴻章認為,“新疆乃化外之地,茫茫沙漠,赤地千里,土地瘠薄,人煙稀少。乾隆年間平定新疆,傾全國之力,徒然收數千里曠地,增加千百萬開支,實在得不償失。依臣看,新疆不復,與肢體之元氣無傷,收回伊犁,更是不如不收回為好。” 對于這樣的昏話,“塞防”派的代表人物左宗棠針鋒相對,“天山南北兩路糧產豐富,瓜果累累,牛羊遍野,牧馬成群。煤、鐵、金、銀、玉石藏量極為豐富。所謂千里荒漠,實為聚寶之盆。”并提出“重新疆者,所以保蒙古,保蒙古者,所以衛京師。西北臂指相連,形勢完備,無隙可乘?!?好在當時的清政府沒有腐朽到這個地步,在1875年,清朝政府派遣以左宗棠為首的大軍,歷時兩年多,將阿古柏非法占領的天山南北地區一一收復回來。
在1877年至1882年),在收復和安定新疆的過程中,左宗棠數次上奏,主張在新疆建省,并提出了“他族逼處,故土新歸”(《左文襄公全集奏稿》卷59)的論點。1884年,清朝政府頒布上諭,“授劉錦棠為甘肅新疆巡撫”(《清德宗實錄》卷195,光緒十年十月癸酉),標志著新疆正式建省。并取“他族逼處,故土新歸”之意,改定西域為新疆。自此,新疆省的建制一直到1955年成立新疆維吾爾自治區止,新疆作為一個固定地名沿用至今。