兩種辦法各有優劣,很難說哪個更好,心內隧道法的優點在于一般只需要一次手術,缺點在于容易出現心律失常(和手術技術有關系,技術好的話發生率也不算高),更高的血栓發生率,需要更長時間的抗凝,而且由于需要在心臟內操作,所以需要建立體外循環,存在體外循環的風險,心外管道法操作簡單的多,不需要體外循環,可以在心臟全程跳動下完成,而且產生顯著血栓低,一般不帶來心律失常,缺點在于人工管道不能自由生長,所以有可能在成年之前需要接受二次甚至三次手術更換心外管道(現在也有解決辦法,比如用自體心包制作可以生長的心外管道,阜外等國內醫院已經有成功的案例),綜合來說的話,心外管道應該更好,但是做哪種類型的Fontan是很大程度上取決于醫院和醫生的水平和喜好的。