歷史記載中并未明確記載秦王嬴政(即后來的秦始皇)對《呂氏春秋》有直接的反對態度。但呂不韋與秦王嬴政之間關系微妙,尤其是在嫪毐事件后,呂不韋逐漸失去了秦王的信任和重用?!秴问洗呵铩吠瓿捎诠?39年,全書展示了呂不韋的政治智慧和治國理念,其中的一些思想可能與秦始皇后來實施的中央集權、嚴刑峻法等政策有所不同。
在呂不韋失勢后,秦始皇更加推崇法家思想,并任用李斯等人推行了一系列加強中央集權的改革措施,如統一文字、度量衡等,這與《呂氏春秋》中倡導的某些和諧、中庸之道存在差異。但這并不代表秦始皇直接反對《呂氏春秋》,而是他在不同的歷史階段選擇了更適合當時形勢的思想作為統治工具。