既然你們公司已經是包工包料地承包了該項目,并且已經給總包單位開具了增值稅專票,那么你們確實不應該再接收勞務公司開的勞務費發票。
從你的描述中,似乎你們公司已經正確地處理了與總包單位的交易。增值稅專票應該已經涵蓋了你們的所有費用,包括材料和人工費。在這種情況下,再去找勞務公司開發票會造成費用重復,這是不合適的。
對于工人工資的問題,如你所述,既然他們的工資由總包單位代發,那么工資發放、社保和個稅的問題應該由總包單位來處理。你們公司應當確保與總包單位的合同中明確了這一點。
另外,對于工人不愿意交個稅的問題,需要強調的是遵循稅法是每個公司和個人的責任。如果工人不希望按照正常雇員的方式上報個稅,那么他們可能需要以其他合法方式,如合同工或自由職業者,來報稅。不過,這需要具體評估并確保合法。
總的來說,你的公司似乎已經正確處理了與總包單位的交易。對于勞務問題,最好還是與稅務顧問或律師進行詳細咨詢,確保所有操作都是合法并符合稅務規定的。